Baumwolle, die unter dem Label Cotton made in Africa (CmiA) verkauft wird, bleibt permanent frei von gentechnisch verändertem Saatgut. Diese Entscheidung, die das Kuratorium der Aid by Trade Foundation, Dachorganisation der Initiative CmiA, im Juni 2012 getroffen hat, gilt auch für die neue Kooperation mit der Better Cotton Initiative (BCI).
Sogenannte GM-Baumwolle (genetically modified) ist umstritten: Befürworter sind der Meinung, dass mit einem geringeren Einsatz von Pestiziden höhere Erträge erwirtschaftet werden könnten. Gegner argumentieren hingegen, dass keine Langzeitwirkungen bekannt sind, und GM-Baumwolle den Bauern keinen ökonomischen Vorteil bringe. Auch viele Nachfragepartner der Initiative Cotton made in Africa sehen das Thema als kritisch an.
Um den bestehenden Standard von CmiA zu wahren, hält die Aid by Trade Foundation trotz der Öffnung einiger afrikanischer Länder für GM-Baumwolle daran fest, den Einsatz von gentechnisch verändertem Saatgut für das Label CmiA zu verbieten. Die Nutzung von genverändertem Saatgut ist inzwischen Teil der Ausschlusskriterien (exclusion criteria No11) im Rahmen des Cotton made in Africa-Standards.
Auch die Zusammenarbeit mit der Better Cotton Initiative (BCI) ändert daran nichts. Partner der BCI können CmiA-Baumwolle seit dem 1. Juli 2012 im Rahmen ihrer Mitgliedschaft bei der Better Cotton Initiative erwerben. Die BCI steht der Nutzung von genverändertem Saatgut neutral gegenüber. Baumwolle, die von den rund 420.000 Kleinbauern, die Teil der CmiA-Initiative sind, produziert wird, bleibt hingegen permanent frei von genveränderter Saat.