Um maßgeblich zur Armutsreduktion und zum Umweltschutz beizutragen, setzt die Initiative auf messbare Verbesserungen der sozialen, ökologischen und ökonomischen Lebensstandards. Gemessen werden dabei bspw. nachhaltige Anbaumethoden wie Maßnahmen zum Erhalt und zur Steigerung der Bodenfruchtbarkeit, Pestizidmanagement oder Schulbildung. Ein weiterer wesentlicher Faktor ist die Entwicklung der Erträge.
In der Mehrzahl der Programmländer gibt es allerdings keine zuverlässigen Produktionsdaten, da Form und Umfang eines kleinbäuerlichen Baumwollfeldes sehr unregelmäßig sein können. Voraussetzung für eine aussagekräftige Wirkungsmessung sind aber präzise Hektargrößen, denn nur so können die Erträge und das Einkommen der Bauern bestimmt werden. Um dieses Problem zu lösen, ist CmiA dazu übergegangen flächendeckend GPS-Geräte einzusetzen. Hinzu kommt, dass sich auch die pro Hektar produzierten Mengen oft schwer erfassen lassen. Vielfach verkaufen die Bauern ihre Baumwolle an unterschiedliche Händler, oder sie reichen sie in der Familie weiter, um die Rückzahlung von Krediten an die Baumwollgesellschaft zu vermeiden. Ihre Ertragsangaben sind somit oft interessensgeleitet und lassen sich nur schwer überprüfen. Je nach Kontext lässt sich der Ertrag deshalb nur durch professionell ausgebildete Ernteschätzer zuverlässig ermitteln.
Da sich die Attraktivität des CmiA Programms beispielweise in Sambia so weit herumgesprochen hat, dass fast jeder Bauer von dem Schulungsprogramm und der weiteren Unterstützung durch CmiA profitiert, ist die Auswahl von geeigneten Kontrollgruppen zu einer großen Herausforderung geworden. Weitere Schwierigkeiten liegen in der Vergleichbarkeit zu den Kontrollgruppen bspw. durch unterschiedliche Klimazonen oder verschiedene Saatgutqualitäten. Roger Peltzer, Programmdirektor der Competitve African Cotton Initiative (Compaci), mit der CmiA in der Umsetzung und Evaluierung des Programms eng zusammenarbeitet, erläutert: „Belastbare Aussagen über die Wirkungen unserer Arbeit zu treffen ist bei einem so breit angelegten Projekt das Ergebnis eines mehrjährigen Lernprozesses. Nachdem wir diesen durchlaufen haben, können wir nun auf der Basis repräsentativer Erhebungen bis Ende 2014 in allen beteiligten Ländern wesentliche Ergebnisse erheben. Perspektivisch ist es uns daher möglich eine jährliche Auskunft über Baumwollproduktionszahlen, sozioökonomische Daten wie Schulraten in den CmiA-Baumwollanbaugebieten als auch über die Umsetzung der nachhaltigen CmiA-Anbautechniken zu geben.“