Die Überprüfung, ob die Standardanforderungen eingehalten werden, erfolgt in mehreren Schritten. Die beteiligten Baumwollgesellschaften müssen jedes Jahr Informationen zu Geschäftstätigkeiten sowie eine Selbsteinschätzung übermitteln, wie sie die Kriterien des Standards eingehalten haben. Diese Selbstauskunft dient der Aid by Trade Foundation zunächst als Grundlage für eine zukünftige Partnerschaft und die extern beauftragte Verifizierung durch unabhängige Auditierungsunternehmen. Der Prozess der Selbsteinschätzung und die anschließend unabhängige Überprüfung durch Dritte wird regelmäßig durchgeführt. Im jährlichen Wechsel werden die Tätigkeiten im Rahmen der Verifizierung entweder auf der Ebene des Feldes oder der Entkörnungsanlage überprüft.
Das CmiA-Zertifikat für eine Baumwollgesellschaft ist zwei Jahre gültig. Innerhalb dieser Laufzeit findet im ersten Jahr ein Audit auf Ebene der Entkörnung und im zweiten Jahr ein Audit auf Feldebene während der Anbauperiode statt. Sind beide erfolgreich absolviert, wird ein neues Zwei-Jahres-Zertifikat ausgestellt und der Prüfzyklus beginnt von vorne. Cotton made in Africa schreibt vor, dass diese Kontrollen ausschließlich von unabhängigen und qualifizierten Dritten vorgenommen werden. Derzeit werden die Audits von den Verifizierungsunternehmen Africert und EcoCert durchgeführt.Die Aid by Trade Foundation unterstützt die Baumwollgesellschaft dabei, die vorgegebenen Nachhaltigkeitsziele zu erreichen. Auf Basis der Verifizierungsergebnisse erstellt die Baumwollgesellschaft einen Managementplan und legt darin konkrete Ziele bis zur nächsten Überprüfung fest.